در اولین اجلاسیه مجلس دوازدهم قالیباف با کمک مستقلین به کرسی ریاست تکیه زد اما بنا به روایت ها «رأی آتش به اختیار» در انتخابات هیات رئیسه اول کم نبود.
به گزارش سازمان، پرونده انتخابات هیات رئیسه مجلس در اجلاسیه اول بسته شد تا «محمدباقر قالیباف» بعد از مشخص شدن تکلیفش در انتخابات ۸ خرداد و تکیه بر صندلی ریاست مجلس دوازدهم در سال اول، با خیالی آسوده به سراغ انتخابات ۸ تیر ماه برود.
اما و اگرهای پیش روی قالیباف /یک ائتلاف به کمک او آمد
ریاست قالیباف بر مجلس دوازدهم با اماواگرهای زیادی روبرو بود، افشاگری های چندماه مانده به انتخابات مجلس دوازدهم، ریزش سنگین آراء او در انتخابات ۱۱ اسفند و قرار گرفتن نامش پایین تر از چهره های تندرویی چون نبویان، ثابتی و رسایی و فضاسازی های بعد از انتخابات علیه او فضا را علیه او کرده بود آنقدر که بسیاری را به این تحلیل رسانده بود که قالیباف حتی به سمت انصراف از نمایندگی مجلس خواهد رفت.
در فاصله بین سقوط بالگرد رئیس جمهوری کشورمان و شهادت او و ضرورت تشکیل یک دولت جدید ظرف ۵۰ روز و مطرح شدن نام قالیباف به عنوان یک کاندیدای ریاست جمهوری، این ادعا یا پیشنهاد ضمنی به او برای استعفا، جدی تر از قبل شد.